Sébastien Ogier/Vincent Landais lideran el Rally de Japón tras el final de la primera etapa, peleando cara a cara contra Elfyn Evans/Scott Martin - ahora bien, entre ellos, Takamoto Katsuta busca, junto a Aaron Johnston, su primera victoria en casa y en la de Toyota Gazoo Racing.
En la segunda pasada por Isegami's Tunnel, donde varios pilotos de casa habían tenido accidentes en la pasada anterior, Ogier mantenía el liderato con un nuevo scratch mientras que Katsuta, quien venía a la carga, adelantaba a Evans en la general. Pajari se mantenía cuarto por delante de los Hyundai de Adrien Fourmaux, Ott Tänak y Thierry Neuville, estos dos mostrándose descontentos en el rendimiento del i20 N Rally1 en asfalto una vez más. Los dos campeones del mundo del equipo surcoreano estaban muy rezagados.
Ogier era de nuevo el más rápido en Inabu / Shitara, forjando una distancia con sus dos compañeros de equipo y perseguidores. Por detrás no había demasiados cambios, en buena parte debido a los Hyundai no estando al ritmo de los Toyota, ni tampoco Grégoire Munster con el único Ford Puma Rally1 en carrera tras el abandono de su compañero Josh McErlean.
Con una segunda pasada por Shinshiro, el tramo que creó el caos para Kalle Rovanperä y donde se salió McErlean horas antes, terminaba el día. Evans le recortaba tres décimas a Ogier y una a Katsuta, igualdad máxima entre los tres. Las diferencias al final del día era de 7,9 segundos entre Ogier y Katsuta y de 10,2 entre Ogier y Evans, los que se juegan el título mundial tras los problemas de Rovanperä, quien acababa el día a 5 minutos de la cabeza de carrera. Poco sorprendente era ver un pleno de scratch para Toyota en esta jornada.
Por detrás, Fourmaux (quien marcó el mismo tiempo que Katsuta en este tramo) adelantaba a Pajari por tres décimas en la general y se situaba cuarto mientras que Tänak acababa el día sin feeling en su Hyundai y Neuville se dedicaba a probar cosas diferentes en cada tramo para encontrar cualquier atisbo de rendimiento extra sobre asfalto. Más atrás, teníamos alegrías los españoles dado que Alejandro Cachón/Borja Rozada lideraban en WRC2 y Jan Solans/Rodrigo Sanjuán eran 3º con los Toyota GR Yaris Rally2 de Teo Martín Motorsport.